『古事記』によると崇神天皇十年、勅命を受け各地に派遣された四道将軍のうち、北陸道を進んだ大毘古命と、東山道を進んだ建沼河別命の親子がこの地で出会った。（このことから「会津」という地名が起こったと言われる。）この時、新潟と福島の県境にある天津嶽（御神楽岳）の頂に、国土開拓の神様である伊弉諾尊・伊弉冉尊の二神を国家鎮護のため祀ったのが創祀といわれる。
その後、欽明天皇13年（552）に現在地へ遷座され、大毘古命と建沼河別命を合祀した。以来、関東・北陸・東北地方の尊崇を集め、『延喜式』名神大社・岩代国一の宮・会津総鎮守として崇敬された。
自然豊かな境内には、4月中・下旬に「薄墨桜」、5月中旬に天然記念物の「飛竜の大藤」、6月15日から7月5日迄は一五〇種十五万株のあやめが咲く「あやめ祭」が開催される。境内全体が「福島県の緑の文化財」に指定され、百花が咲き競い「花のたえない伊佐須美詣」と讃えられている。